云锦独特的妆花技艺使其“逐花异色”，即每个花纹的用色依次改变，配色丰富自由。“荤素搭配”的意思是相邻两朵花的颜色要一荤一素，即一暖一冷。例如一排四个花朵，第一朵是暖色的大红，第二朵就需冷色的蓝、绿色，若第二朵是蓝，则绿排在第四朵，第三朵排紫绛或橘红色。然后第二排第一、三朵就要用冷色，第二、四朵用暖色，以此类推。

云锦中大量织入金线，除了使得整件织物华丽美观外，金线通常用来勾勒纹样的外部轮廓，称为“片金绞边”；使花纹和背景之间的颜色过渡自然。“大白相间”是指主体花纹的外层、金边之内，多用白色的块面表现。由于金色、白色都可以与任何色彩相调和，“片金绞边、大白相间” 的配色技巧，在设色对比强烈的云锦图案中起着调和的作用。

所谓“色晕”，按今天的话来说就是将邻近色按明度分成深中浅若干个色阶，织于所要描绘的对象上，以表现其层次和节奏，并通过色晕来减弱花与花之间的对比。如牡丹的花瓣一般多作“三色晕”，而月季则作“二色晕”。“色晕”是否云锦首创，一时还不得而知，但是云锦“色晕”中色彩的搭配有着十分精彩的独到之处。